續古迦之後就是幪面超人阿極陀了(台譯阿傑多)，故事以解迷方式的新手法去講述，主角津上翔本身亦非改造人，所謂的變身則為精神寄生形使身體異變。劇中更出舷颩捷W人史上由人類以科技項o的強化服G3，外形近幪面超人甚以，但只是機械模式的裝甲。除了阿極陀外，劇中加入了二位幪面超人磯烙使及另一位阿極陀，此舉也是成為幪面超人系列第一次的(當然不計大集合或者從前一代來相助)，如此創新的意念也改變未來的幪面超人系列的發展。

　　　　未確認生命體古迦事件發生後四年，一艘客運輪船黎明號神秘遇襲，其中一生還者津上翔一郤失去記憶，而警方在荒島上發現了古代文明的物體。為防未確認生命體再次出瓷A日本警視廳成立了名為G3防衛的部門，並項o了G3系統。這套G3系統是參照未確認生命體4號即幪面超人古迦的裝甲而設計出來，警員冰川誠被選為G3的裝著員。當新怪人再次出現，連奉召的G3也不是其對手，這時神秘的金色幪面超人亞極陀Aigto出現，並輕易把怪人unknown消滅。原來這個幪面超人就是失憶的青年津上翔一變身，起初因未能控制亞極陀的能力也襲擊G3。

     G3在接觸了第一隻未確認生命體後，發現以前為能有效擊殺未確認生命體的武器竟然對它完全無效。經過分析後，G3小隊的結論是這次出現的怪物，不是未確認生命體，而是比未確認生命體更強的怪物，而他們稱這些怪物為UNKNOWN。警方另一部門一直為在荒島上發現的古代文明進行解碼，以探索出當中秘密。而翔一暫住在美杉義彥的家，認識了擁有超能力的風谷真魚，真魚更幫助翔一四出尋找他失去的記憶，並遇上葦原涼。涼在父親的遺物中，發現一本記事薄，當中提及之姓名卻無人知曉，查探父親死因後，竟發現自己是另一個幪面超人磯烙使Gills。磯烙使是不完整的亞極陀，所以當涼變身磯烙使後會出現後遺証。一次他相當危險，幸得因超古代文明遺傳因子而誕生的青年所救。之後出現的UNKNOWN也相繼被翔一，涼以及誠所打敗 。

     後來涼誤會女朋友神亞紀是被亞極陀所殺，造成磯烙使與亞極陀對峙的局面。又因亞極陀多次拯救G3，G3加入戰團對付磯烙使。可惜G3聯手亞極陀未敵磯烙使，警方有見及此使用更厲害的武器G3-X。在G3-X和亞極陀合作下，未確認生命體雖然愈來愈厲害，但也相繼被擊倒。神秘的UNKNOWN的出現進行殺戮，令人驚訝的是被殺的人竟有一個共通點，就是全部都有某種超自然的力量。第三個幪面超人Another亞極陀亦出現，就是由木野薰變身，他雖然會優先對付UNKNOWN，但亦會對付磯烙使和亞極陀，因他認為世上有他這位亞極陀就夠了。後來他被強化了的磯烙使所敗，卻又被涼所救而作出改變。

　　　　在警方和真魚的調查下發現翔的姐姐澤木雪菜也曾經變成亞極陀，而其他擁有超能力的人最終也會變成亞極陀，真魚更發現她的父親的死和亞極陀有關而疏離翔一。這時闇的創造主斗真親自出擊，要收回翔一等的力量。更決定殺盡所有人類，以免有更多的亞極陀誕生。他派出風、地、水三精靈，翔 一 、涼和誠的最後一戰在此展開。被派出的派出水的精靈先對付三個幪 面超人及G3，起初四人不敵，但翔一打破恐懼，令亞極陀的力量再上一層，成為燃燒形態的亞極陀，再合四人之力，將水精靈打敗。而地之使者，要他去對付能變成亞極陀的人類。與此同時斗真正和風之 使者進行令人類步向滅亡的行動，天蝎座星群正向地球移動，而神秘自殺事件也不斷發生。另一邊的警方幹部會再開會議研究G3部隊的存棄，北條透強調亞極陀可能會征服世界，反而UNKNOWN可能是唯一能對付亞極陀的人，所以要保留G3部隊以防萬一，這會議加 入了一 個似乎很有權力的新成員白河尚純，他也讚成北條的看法。G3-X的工作有新定位，就是要保護UNKNOWN，就讓它來制衡亞極陀。

　　　　最後之戰展開，亞極陀面對闇的創造主斗真及風 、地兩使者，也要面對警視廳的G3-X。幸得到冰川與小澄子奪回G trailer，操控G3-X系統，並與亞極陀 、磯烙使一同消滅風 、地兩使者，之後亞極陀更向斗真作出攻擊。當斗真給與哲也的生命快將完結時，斗真在哲也面前出現，並說不會再消滅人類和亞極陀，因為人類將會親手消滅亞極陀，而哲也卻認為人類接受亞極陀的存在，兩人訂下賭約後，哲也就死掉。一年之後，各人都過著自己的新生活。